Masyarakat perlu tahu bahwa keberadaan MAN Kota Mojokerto berada di zona aman. Meskipun letaknya berhadapan dengan Rusunawa yang dijadikan tempat Gugus Covid-19, itu tidak berdampak pada penularan virus Corona. Rusunawa hanya sebagai tempat observasi sementara bagi pasien Covid-19 berdasarkan penegasan Juru Bicara Gugus Tugas Covid-19 Kota Mojokerto. Masyarakat tidak perlu takut untuk datang ke MAN Kota Mojokerto sebab penularan virus Corona tidak melalui udara melainkan melalui droplet sebagaimana penjelasan drh. Indro Cahyono pakar virus. MAN Kota Mojokerto berkomitmen untuk selalu menaati peraturan protokol kesehatan secara proporsional.
Penerapan sistem pelayanan MAN Kota Mojokerto sudah sesuai standar protokol kesehatan, meliputi pengecekan suhu badan, wajib bermasker, wajib cuci tangan, social distancing/ jaga jarak, tidak berjabat tangan, dan menyediakan hand sanitizer. Guru dan siswa sebagai Satgas Covid-19 MAN Kota Mojokerto selalu sigap dan tanggap setiap kali ada tamu yang berkunjung. Semua guru, karyawan, siswa, maupun orang lain yang datang ke MAN Kota Mojokerto dijamin aman di lingkungan tersebut. Jadi masyarakat tidak perlu takut untuk menyekolahkan putra-putrinya di MAN Kota Mojokerto.
MAN Kota Mojokerto bekerja sama dengan para ulama dan Kyai dalam kegiatan spitual sebagai wujud doa bersama dan mendekatkan diri kepada Allah semoga wabah pandemi ini segera berakhir. Sehingga semua kegiatan yang mencakup berbagai aspek bidang segera beroperasi secara normal.